手写的纸质论文是不能用查重软件进行查重的，查重软件只能对提交到系统内的电子文档进行查重，因此手写的论文是可以通过软件转化成电子文档的，并且大部分院校对于毕业论文的写作都是要求以电子文档的形式上传，如果学生手写纸质论文，那么学校是不会对这个纸质论文查重，并会要求学生将纸质论文转换成电子文档，因此论文建议用电子文档来书写。
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