在公司组织架构中，部门之间的协调与合作关系是非常重要的，可以通过以下几种方法来处理：
设立跨部门的沟通机制：可以设立跨部门会议、工作组或者跨部门项目组，定期进行沟通和协调，确保各部门之间的信息畅通。
设立共同目标和指标：确保各部门的工作目标和指标是一致的，可以通过设立跨部门的绩效考核机制来激励各部门之间的合作。
明确职责和权限：在组织架构中明确各部门的职责和权限范围，避免出现职责不清、责任不明的情况，从而减少部门之间的冲突。
建立信息共享平台：建立一个信息共享的平台，方便各部门之间共享信息和资源，提高工作效率。
培养跨部门合作意识：组织跨部门的培训和交流活动，帮助员工增强跨部门合作意识和团队精神。
通过以上方法，可以有效处理公司组织架构中部门之间的协调与合作关系，促进公司整体运营的顺畅和高效性。