在案件事实不清、证据不足的情况下，检察院可以决定不起诉。然而，在此过程中，被羁押的人员并未受到冤枉，因此受害人可以要求国家赔偿。根据《国家赔偿法》第十七条第二项的规定，受害人有取得赔偿的权利。
法律分析
存疑不起诉的受害人可以申请国家赔偿。这是因为，在案件事实不清、证据不足的情况下，检察院决定不起诉。在此过程中，被羁押的人员并未受到冤枉，因此，受害人可以要求国家赔偿。根据《国家赔偿法》第十七条第二项的规定，行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时，对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。
拓展延伸
受害人可以要求国家赔偿的机构有哪些？
根据我国《国家赔偿法》第三条，受害人有取得赔偿的权利的情形包括：行政机关及其工作人员行使行政职权时有侵犯人身权情形的；行政机关及其工作人员行使行政职权时有侵犯财产权情形的；行政机关及其工作人员行使行政职权造成他人人身伤害或者财产损害的；行政机关及其工作人员在行使行政职权时有其他侵犯人身权或者财产权情形的。受害人可以要求赔偿的机构包括：
1.受害人的本人；
2.受害人的法定代理人、近亲属或者愿意承受其侵权行为后果的第三人；
3.赔偿义务机关。
因此，受害人可以要求以上三种机构中的任意一种或多种进行赔偿。同时，《国家赔偿法》第五条规定，属于下列情形之一的，国家不承担赔偿责任：行政机关工作人员与行使职权无关的个人行为；因公民、法人和其他组织自己的行为致使损害发生的；法律规定的其他情形。
结语
存疑不起诉的受害人可以申请国家赔偿。这是因为，在案件事实不清、证据不足的情况下，检察院决定不起诉。在此过程中，被羁押的人员并未受到冤枉，因此，受害人可以要求国家赔偿。根据《国家赔偿法》第十七条第二项的规定，行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时，对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。
法律依据
《国家赔偿法》第十七条行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（二）对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（三）依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；
（四）刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；
（五）违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。