法律分析：在公司犯罪的情况下，企业可能会面临巨大的经济和声誉损失。为了保护企业利益，企业应该采取以下措施：
1.加强内部监管和风险控制，避免违法行为的发生。
2.及时启动应急预案，采取措施尽快消除损失。
3.与警方、司法机关积极合作，协同打击犯罪行为。
法律依据：
1.《中华人民共和国公司法》第八十条：公司应当建立内部管理制度，规定工作职责和工作程序，加强内部监督和管理。
2.《中华人民共和国刑法》第三百六十九条：单位犯罪的，应当对单位和个人分别处罚；单位的罚金，由单位承担；单位的违法所得，归国家所有。
3.《中华人民共和国企业破产法》第三十三条：企业在破产清算中，应当尽量保护债权人的利益，尽量减少损失。
以上是针对公司犯罪的保护企业利益的法律分析和依据，企业应该重视内部监管和风险控制，积极合作打击犯罪行为，以保护企业利益不受损失。