法律分析：公司犯罪如涉及经济利益，除了承担刑事责任外，还可能面临行政处罚和民事赔偿等责任。为保护自身经济利益，公司可以采取以下措施：
1.建立内部控制制度，规范财务管理；
2.加强员工教育和培训，提高法律意识和风险意识；
3.及时核查公司财务状况，发现问题及时处理；
4.购买商业保险，降低风险。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第三十七条、第三十八条、第三十九条；
2.《行政处罚法》第二十五条、第二十七条；
3.《中华人民共和国民法典》第一百零八十六条、第一百零八十七条、第一百零八十九条。
公司应当依法承担相应的责任和义务，防止和减少经济损失的发生。建立健全的内部管理制度，加强员工培训和教育，及时发现和解决问题，购买商业保险等措施都是有效的方法。