股权转让的双方要按万分之五税率缴纳印花税，对于股权转让所得，如果股东是自然人，要按20％税率缴纳个人所得税，如是法人股东，要按25％税率缴纳企业所得税。
1、购买股权的人A只需按照成交价格缴纳印花税，万分之五。
2、出售股权的人B以大于其初始投资数额出售的，则其差额按“财产转让所得”依20％税率缴纳个人所得税（如果是小于或等于其初始投资数额出售的，则不需要缴纳所得税），同时按照成交价缴纳印花税，万分之五。
依据：所得税法、印花税条例
转让过程中通过挂牌还产生了其他的费用，比如在挂牌支付了交易费1万的，目前在中国这1万不可以减去再算所得税。
3、股权转让双方都要按照实际成交额缴纳印花税。
印花税是在签订了转让合同之后，双方去企业驻地地方税务局缴纳，凭完税证去工商局办理股权变更手续。
4、股东出让股权，一般来讲公司权益没有变化，企业一般不用缴纳所得税。
注：平价转让则不需要交所得税，只需交印花税，税率是0．05﹪。若溢价转让，则股权转让的个人所得税＝（卖出价格－成本）×20％。如果税务机关不接受平价转让，则需要资产评估，用（评估价格－成本）×20％就是你要交纳的个人所得税。
一、公司股权变更的具体流程
1、领取《公司变更登记申请表》（工商局办证大厅窗口领取）。
2、变更营业执照（填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理）。
3、变更组织机构代码证（填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理）。
4、变更税务登记证（拿着税务变更通知单到税务局办理）。
5、变更银行信息（拿着银行变更通知单基本户开户银行办理）。
二、股权变更印花税需要交多少？
股权转让存在两种情况：
一是在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对转让行为应按证券（股票）交易印花税3‰的税率征收证券（股票）交易印花税。
二是不在上海、深圳证券交易所交易或托管的企业发生的股权转让，对此转让应按1991年9月18日《国家税务总关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发1号）文件第十条规定执行，由立据双方依据协议价格（即所载金额）的万分之五的税率计征印花税。