法律分析：职务犯罪案件赔偿金可以进行协商支付，但需符合相关法律规定。
法律依据：
1、《刑法》第二百三十六条：犯罪分子因犯罪行为造成他人损害，应当承担民事责任，赔偿损失。
2、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑法〉的解释》第三百七十四条：赔偿金应当根据被害人的损失大小、犯罪情节、犯罪分子的经济状况等因素确定。
3、《中华人民共和国国家赔偿法》第十二条：国家机关、国有企事业单位或者其他依法履行职责的组织或者个人，因执行职务造成公民、法人或者其他组织的合法权益受到侵害的，应当依法给予赔偿。
综上所述，职务犯罪案件赔偿金可以进行协商支付，但需根据被害人的损失大小、犯罪情节、犯罪人的经济状况等因素进行合理确定。同时，赔偿金的支付应符合《中华人民共和国国家赔偿法》相关规定。