1、单位或个人提出申请;
2、卫生行政部门作出是否受理告知;
3、提交相关材料;
4、卫生行政部门审核材料，现场验收，领导核准、审批;
5、制证、发证、公示。
设置医疗机构的条件
1、必须符合县级以上人民政府批准的卫生行政部门《医疗机构设置规划》;
2、必须符合卫生部《医疗机构基本标准》;
3、在城镇设置诊所的个人，必须同时具备取得《医师执业证书》并从事相同专业工作满五年;
4、同时具备省、市规定的其他条件。
申请设置医疗机构需提交的材料
1、单位或个人申请;
2、《医疗机构申请执业登记注册书》;
3、设置医疗机构可行性研究报告;
4、设置医疗机构选址报告;
5、设置医疗机构选址污水、污染物处置报告;
6、医疗机构用房产权证明或者使用证明及医疗机构建筑设计平面图;
8、单位申请的提供各科室人员名录和有关资格证书、执业证书;个人申请的提供《医师执业证书》，相应诊室提供《护士执业证书》，属于退休人员申请的还需提供退休证明;
9、医疗机构规章制度;个人申请的还需提供相应技术操作规程;
10、医疗机构平面图片。
许可证是什么：
营业执照和执业许可证都是行政许可。所有经营主体都得取得营业执照。如果从事医疗服务，还要取得执业许可证。如果经营网吧，要取得文化许可证。许可证是指可以持照营业，资格证是指有这个从业资格，就是说可以做这行，就相当于上岗证，性质不一样。
法律依据：
《个体工商户条例》
第八条 申请登记为个体工商户，应当向经营场所所在地登记机关申请注册登记。申请人应当提交登记申请书、身份证明和经营场所证明。