税务登记网上办理流程是：先办理工商营业执照，然后带着营业执照副本及复印件，身份证及复印件，组织机构代码证，公司章程，到税务局办理税务登记，这时需要填写税务登记申请表，并缴纳登记证工本费（有的地区规定免缴）。
《中华人民共和国税收征收管理法》
第五十一条
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；
纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；
涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。