法律分析：农村合作医疗如果是住院,那么只要携带报销所需的资料,就可以去医院新农合窗口进行审核并报销。如果医院没有相关的报销窗口,那么出院以后需要去区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。而外地就医的话,定点医院可以直接在医院进行报销,医院不能直接报销的话,需要回户籍所在地的卫生院报销。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：(一)应当从工伤保险基金中支付的;(二)应当由第三人负担的;(三)应当由公共卫生负担的;(四)在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。