土壤中的动物和微生物分解有机物，为植物提供营养物质，还可以疏松土壤。土壤得到改善之后，有利于其中的生物生长。所以土壤中的生物与土壤之间是相互依存的关系。.
土壤提供了微生物生命活动和繁殖所必需的各种环境条件，是微生物生活最稳定的生境。但土壤中有机物数量，植物根系、湿度和通气、pH值、温度、农药使用情况等因素又对土壤微生物有很大的影响，造成微生物在土壤中的分布的不均匀性。
自然土壤因成土因素不同，性状各异，土壤的物理、化学性状及气候因子的差别，不但不同区域和不同层次的微生物数量和区系组成存在差异，而且一年的不同季节里微生物数量也有变化。