目前大多数囊肿的治疗是在超声引导或直接行囊肿抽吸术，而更多地是密切随诊。
但是如果乳腺囊肿的囊内液体抽取后肉眼为血性液，则需要进行囊液细胞学检查，如为非血性液，则结合医生临床考虑或患者意愿选择行囊液细胞学检查，如细胞学检查结果提示有细胞异型、可疑恶性或恶性，则随后需行肿物的切除活检术。
还有如果超声检查发现囊肿内存在实性占位，在送检囊液细胞学检查的同时需在超声引导下对实性区域行核心穿刺活检。
更多的乳腺囊肿选择密切随诊，随诊内容包括专科医生临床检查和乳腺超声检查，35岁以上的妇女加做乳腺高频X线，而随诊的目的主要是排除偶发的乳腺癌。