鱼儿拍动鳃盖不是为了喝水，而是呼吸。鱼类呼吸主要依靠它的鳃。当水流从口中进入，经过鳃排出的时候，鳃丝内密布的微血管就会进行气体交换，从而获得氧气。鱼呼吸的过程中口和鳃盖不停的交替闭合，所以才会拍动鳃盖。
鱼类通常都具有多对鳃弓，这样的生理结构使鱼鳃的有效呼吸面积成几何级数增加。在水中，鱼的呼吸是由口、咽腔和鳃盖的协同运动来完成。
鱼儿在水中游动的时候，嘴会一张一合的，从而将水吞咽进去，但水并不会进入身体，而是借着从两腮排出，鳃盖里面有鳃丝，里面有大量的微血管，水流经过的时候就可以完成气体交换。
鱼儿的嘴巴无时无刻都在一张一合来过滤水中的氧气，我们就很容易理解鱼儿为什么喜欢逆水方向游动了。顺水游的话，鱼的鳃部不易打开，给鱼儿正常呼吸造成一定困难。