商铺办理房产证需要缴纳的费用与普通住宅不同，它需要缴纳的费用种类更多。一般而言需要缴纳的交易费用有交易手续费、登记费、核档费、营业税、个人所得税和契税。商铺需缴纳契税标准为商铺交易额的5缴纳土地增值税则按照商铺交易额的1缴纳。商铺缴纳的所得税需要按照房屋交易额1或用商铺现值减去商铺原值差额的20缴纳。印花税和住宅不同，费用为商铺交易额的万分之十。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国房屋登记办法》第九条房屋登记机构应当依照法律、法规和本办法规定，确定申请房屋登记需要提交的材料，并将申请登记材料目录公示。