员工有重大疾病，如果在规定的医疗期内的，单位不可以不发工资。单位需要按照不低于最低工资标准的百分之八十来向员工支付工资，具体的工资水平则由用人单位依法确定。
【法律依据】
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十七条
劳动者与用人单位形成或建立劳动关系后，试用、熟练、见习期间，在法定工作时间内提供了正常劳动，其所在的用人单位应当支付其不低于最低工资标准的工资。
第五十八条
企业下岗待工人员，由企业依据当地政府的有关规定支付其生活费，生活费可以低于最低工资标准，下岗待工人员中重新就业的，企业应停发其生活费。女职工因生育、哺乳请长假而下岗的，在其享受法定产假期间，依法领取生育津贴；没有参加生育保险的企业，由企业照发原工资。
第五十九条
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。