被告申请鉴定，法院同意即可进行，无论原告是否同意。如果原告不配合鉴定，法院会推定被告鉴定目的成立，并作出对被告有利的判决。当事人申请鉴定应在举证期限内提出。对需要鉴定事项负有举证责任的当事人，不提出鉴定申请或不提供相关材料，将承担举证不能的法律后果。当事人对法院鉴定结论有异议可申请重新鉴定，但需提供证据证明鉴定机构或程序存在问题。一方当事人自行委托的鉴定结论可被另一方反驳并申请重新鉴定。
法律分析
当事人有申请鉴定的权利，但是否进行鉴定，决定权在法院，而不在对方当事人，所以，被告申请鉴定，如果法院同意就可以进行鉴定，无论原告是否同意，都应当进行鉴定。如果鉴定必须原告配合，原告不配合就无法进行鉴定，法院会推定被告鉴定的目的成立，并作出对被告有利的判决。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》：
第二十五条当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。符合本规定第二十七条规定的情形，当事人申请重新鉴定的除外。
对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的应当对该事实承担举证不能的法律后果。
第二十六条当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。
第二十七条当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
(一)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;
(二)鉴定程序严重违法的;
(三)鉴定结论明显依据不足的;
(四)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。
第二十八条一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。
结语
当事人有申请鉴定的权利，但决定权在法院，被告申请鉴定，法院同意即可进行，无论原告是否同意，都应当进行。若原告不配合鉴定，法院会推定被告鉴定目的成立，并作出对被告有利的判决。根据最高法院规定，当事人应在举证期限内提出鉴定申请，否则将承担举证不能的法律后果。鉴定机构和人员由双方协商确定，如协商不成，由法院指定。对法院委托的鉴定结论有异议，当事人可提出重新鉴定申请，但需提供相关证据。若鉴定结论可通过其他方式解决，则不予重新鉴定。当事人自行委托的鉴定结论，对方有足够证据反驳并申请重新鉴定，法院应予准许。
法律依据
司法鉴定程序通则：第二章 司法鉴定的委托与受理 第十五条 具有下列情形之一的鉴定委托，司法鉴定机构不得受理：
（一）委托鉴定事项超出本机构司法鉴定业务范围的；
（二）发现鉴定材料不真实、不完整、不充分或者取得方式不合法的；
（三）鉴定用途不合法或者违背社会公德的；
（四）鉴定要求不符合司法鉴定执业规则或者相关鉴定技术规范的；
（五）鉴定要求超出本机构技术条件或者鉴定能力的；
（六）委托人就同一鉴定事项同时委托其他司法鉴定机构进行鉴定的；
（七）其他不符合法律、法规、规章规定的情形。
司法鉴定程序通则：第三章 司法鉴定的实施 第二十九条 司法鉴定机构在鉴定过程中，有下列情形之一的，可以终止鉴定：
（一）发现有本通则第十五条第二项至第七项规定情形的；
（二）鉴定材料发生耗损，委托人不能补充提供的；
（三）委托人拒不履行司法鉴定委托书规定的义务、被鉴定人拒不配合或者鉴定活动受到严重干扰，致使鉴定无法继续进行的；
（四）委托人主动撤销鉴定委托，或者委托人、诉讼当事人拒绝支付鉴定费用的；
（五）因不可抗力致使鉴定无法继续进行的；
（六）其他需要终止鉴定的情形。
终止鉴定的，司法鉴定机构应当书面通知委托人，说明理由并退还鉴定材料。
司法鉴定程序通则：第三章 司法鉴定的实施 第二十三条 司法鉴定人进行鉴定，应当依下列顺序遵守和采用该专业领域的技术标准、技术规范和技术方法：
（一）国家标准；
（二）行业标准和技术规范；
（三）该专业领域多数专家认可的技术方法。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容