法律分析：一、你在公司上班，你和该公司的关系属于劳动关系，你的合法权益受法律保护。
二、你依法享有获得劳动报酬的权利。你提供了正常的劳动，公司有义务按照劳动合同约定和国家规定向你发放工资，公司扣除你5000元工资违反了法律规定。同时，由于你已经离职，根据法律规定，公司应该在你离职时付清全部工资。
三、你作为手机的使用者，你有义务保管好手机。如果手机是在你使用期间因疏忽大意而被他人盗窃，你对手机被盗存在重大过错，公司有权要求你赔偿公司的损失。损失额应该根据手机被盗时的价值确定，你应赔偿的数额应该根据你的过错程度确定，实践中，即使你有重大过错，你也只需要承担部分的过错，一般会在损失额50%左右。
四、公司能够举证证明手机被盗你存在重大过失，公司有权在你的工资中扣除部分工资用于赔偿，但扣除的工资数额不得超过工资的20%。
五、公司扣除工资违反了劳动法律法规，属于劳动纠纷，你可以向公司所在地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
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