法律分析：重疾险是指在被保险人被确诊患有保险合同约定的重大疾病时，由保险公司给付一定金额的保险金。在拒赔先天性疾病时，需要根据具体情况进行判断。如果先天性疾病与保险合同约定的重大疾病有关联，保险公司应当承担赔偿责任。
法律依据：
1.《保险法》第五十二条：被保险人或者受益人向保险人提出赔偿请求的，保险人应当在十五日内明确是否承担赔偿责任并予以理赔或者拒绝理赔。
2.《保险法》第四十五条：保险人应当按照合同约定承担保险责任。
3.《民法典》第二十一条：人民法院应当依法保护民事主体的合法权益，维护社会公共利益和秩序。
综上所述，重疾险公司在拒赔先天性疾病时，需要根据具体情况进行判断，如存在保险合同约定的重大疾病与先天性疾病有关联，保险公司应当承担赔偿责任。如果保险公司拒绝理赔，被保险人可向人民法院提起诉讼，依法维护自身合法权益。
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